La frammentazione del potere pubblico propria di un sistema multilivello ha determinato un diverso atteggiarsi della sussidiarietà nei confronti dei diversi livelli di governo, le cui rispettive competenze non operano su piani separati, ma sempre più in maniera integrata.
Tutto questo ha portato ad una trasformazione del principio di sussidiarietà che per l’Autore non agisce più come strumento nella collocazione della competenza ma incide maggiormente nelle modalità di esercizio della stessa.
Per Sterpa questo sancisce un “abbandono della portata valoriale” del principio soprattutto per quanto riguarda la declinazione verticale dello stesso. Egli parla di una vera e propria “mutazione del codice genetico della sussidiarietà” poiché il fulcro della decisione non attiene più alla scelta del soggetto deputato ad esercitare il pubblico potere, ma riguarda la determinazione del migliore esercizio del potere, che non coincide necessariamente con il livello istituzionale e sociale più basso.
Questo approccio non può che costituire un vulnus al principio di sussidiarietà orizzontale che si relaziona con un panorama di poteri pubblici molto forte, in cui non vi è un titolare di una competenza netta e definita, ma più soggetti pubblici tra i quali la competenza è divisa.